ג'וד לאו ישוב לתפקידו כלני בלארדו, שנבחר לכהן כאפיפיור האמריקני הראשון, פאיוס ה-13. ב"האפיפיור הצעיר" נחשפנו לדמותו המסתורית ומלאת הסתירות של בלארדו ולניסיונו למצוא אל שאותו יוכל למכור להמונים – וגם לעצמו, עד שנפל בפרק הסיום לתרדמת.
"האפיפיור החדש" מתחילה באותה הנקודה בה הסתיימה ה"אפיפיור הצעיר", כשלנעליו של האפיפיור השרוי בקומה נכנס סר ג'ון בראנוקס (ג'ון מלקוביץ'), שזוכה לשם יוחנן פאולוס השלישי. עד מהרה בראנוקס מבין שלא יהיה קל להחליף את האפיפיור הכריזמטי שהספיק להפוך לקדוש עבור אלפים. בינתיים, הכנסייה נמצאת תחת מתקפה בעקבות מספר שערוריות שמאיימות למוטט את הסדר הקיים.